- Τεχνική Υπηρεσία
- Κέντρα Υγείας
- Ειδικό Γραφείο
- Αυτοτελές Τμήμα
- Διοικητική Υπηρεσία
- Υποδιευθύνσεις
- Νοσηλευτική Υπηρεσία
- Λοιπά Τμήματα
- Διατομεακά
- Επειγόντων Περιστατικών
- Βραχείας Νοσηλείας
- Εργαστηριακός Τομέας
- Βιοπαθολογικό
- Φαρμακείο
- Ακτινοδιαγνωστικό
- Παθολογικής Ανατομικής
- Αιματολογικό / Αιμοδοσία
- Βιοχημικό
- Τομέας Ψυχικής Υγείας
- Παθολογικός Τομέας
- Μονάδα Τεχνητού Νεφρού
- Παιδιατρικό
- Παθολογικό
- Καρδιολογικό
- Χειρουργικός Τομέας
- Μεταναισθητικής Φροντίδας
- Οφθαλμολογικό
- Ορθοπεδικό
- Μονάδα Αντιμετώπισης Πόνου
- Αναισθησιολογικό
- Ω.Ρ.Λ. Γναθοχειρουργικό
- Ουρολογικό
- Μαιευτικό – Γυναικολογικό
- Χειρουργικό
Αυτοτελές Τμήμα – Γενικού Νοσοκομείου Κιλκίς
Υπάγεται απευθείας στο Διοικητή του Νοσοκομείου. Περιλαμβάνει το Τμήμα Ελέγχου Ποιότητας, Έρευνας και Συνεχιζόμενης Εκπαίδευσης.