- Κέντρα Υγείας
- Ειδικό Γραφείο
- Αυτοτελές Τμήμα
- Τεχνική Υπηρεσία
- Διοικητική Υπηρεσία
- Υποδιευθύνσεις
- Νοσηλευτική Υπηρεσία
- Λοιπά Τμήματα
- Παθολογικός Τομέας
- Καρδιολογικό
- Παθολογικό
- Παιδιατρικό
- Μονάδα Τεχνητού Νεφρού
- Διατομεακά
- Επειγόντων Περιστατικών
- Βραχείας Νοσηλείας
- Εργαστηριακός Τομέας
- Βιοπαθολογικό
- Βιοχημικό
- Αιματολογικό / Αιμοδοσία
- Παθολογικής Ανατομικής
- Ακτινοδιαγνωστικό
- Φαρμακείο
- Τομέας Ψυχικής Υγείας
- Χειρουργικός Τομέας
- Μονάδα Αντιμετώπισης Πόνου
- Μεταναισθητικής Φροντίδας
- Οφθαλμολογικό
- Ορθοπεδικό
- Αναισθησιολογικό
- Ω.Ρ.Λ. Γναθοχειρουργικό
- Ουρολογικό
- Μαιευτικό – Γυναικολογικό
- Χειρουργικό
Αυτοτελές Τμήμα – Γενικού Νοσοκομείου Κιλκίς
Υπάγεται απευθείας στο Διοικητή του Νοσοκομείου. Περιλαμβάνει το Τμήμα Ελέγχου Ποιότητας, Έρευνας και Συνεχιζόμενης Εκπαίδευσης.