- Κέντρα Υγείας
- Ειδικό Γραφείο
- Αυτοτελές Τμήμα
- Τεχνική Υπηρεσία
- Διοικητική Υπηρεσία
- Υποδιευθύνσεις
- Νοσηλευτική Υπηρεσία
- Λοιπά Τμήματα
- Παθολογικός Τομέας
- Καρδιολογικό
- Μονάδα Τεχνητού Νεφρού
- Παιδιατρικό
- Παθολογικό
- Διατομεακά
- Επειγόντων Περιστατικών
- Βραχείας Νοσηλείας
- Εργαστηριακός Τομέας
- Παθολογικής Ανατομικής
- Φαρμακείο
- Ακτινοδιαγνωστικό
- Αιματολογικό / Αιμοδοσία
- Βιοχημικό
- Βιοπαθολογικό
- Τομέας Ψυχικής Υγείας
- Χειρουργικός Τομέας
- Αναισθησιολογικό
- Μεταναισθητικής Φροντίδας
- Οφθαλμολογικό
- Ορθοπεδικό
- Μονάδα Αντιμετώπισης Πόνου
- Ω.Ρ.Λ. Γναθοχειρουργικό
- Ουρολογικό
- Μαιευτικό – Γυναικολογικό
- Χειρουργικό
Αυτοτελές Τμήμα – Γενικού Νοσοκομείου Κιλκίς
Υπάγεται απευθείας στο Διοικητή του Νοσοκομείου. Περιλαμβάνει το Τμήμα Ελέγχου Ποιότητας, Έρευνας και Συνεχιζόμενης Εκπαίδευσης.